中心目前共有两套计算集群系统。
2012年建成使用的计算集群系统共有108个计算节点，4台登陆管理节点，2台I/O节点，1台胖节点，1台GPU节点组成，全部采用64 位高性能处理器，计算节点Linkpack实测值大于等于12.5Tflops；外部存储采用容量约160TB磁盘阵列；集群同时配置了40Gb/s Infiniband高速数据交换网络和千兆以太网，系统I/O数据读写能力不低于1.25GB/s。
1、计算节点（刀片节点）
（1）CPU: 2* Intel Xeon 6C X5650 2.66GHz
（2）Memory: 12* 4GB DDR3 LP RDIMM
（3）Hard Disk: 1* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K
2、胖节点
（1）CPU: 4* Intel Xeon 8C E7-4820 2.0GHz
（2）Memory: 64*8GB DDR3 LP RDIMM
（3）Hard Disk: 4* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K
3、GPU计算节点
（1）CPU: 2* Intel Xeon 6C X5650 2.66GHz
（2）Memory: 6*4GB DDR3 LP RDIMM
（3）Hard Disk: 2* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K
（4）2* NVIDIA GPU M2050图形卡
2018年建成使用的新计算集群总浮点运算峰值超过116TFlops，存储总裸容量达到2PB，包含112台并行计算节点，4台登陆管理节点，2台胖节点，2台GPU节点和1台MIC节点等主要硬件设备。并行计算节点拥有双路14核Intel 2.4GHz处理器和128GB内存；胖节点拥有4路24核Intel 2.2GHz处理器和1TB内存。集群同时配置了56Gb/s Infiniband高速数据交换网络和万兆以太网，系统I/O数据读写能力超过20GB/s。
